O laboratório possui um microscópio confocal de fluorescência Zeiss (modelo LSM 780 invertido) com excitação por um fotón (LASER Diodo 405 nm; LASER Argônio: 458/488/514 nm; LASER HeNe: 543/594/633 nm) ou dois fótons (LASER Ti:Safira (emissão: 690-1050 nm)). As lentes objetivas disponiveis são: 10x; 0,3NA; wd = 5,2mm (ar) - 20x; 0,8NA; wd = 0,5mm (ar) - 40x; 1,2NA; wd = 0,28mm (água) - 40x; 0,3NA; wd = 0,21mm (óleo) - 63x; 1,4NA; wd = 0,2mm (água) - 63x; 1,2NA; wd = 0,2mm (óleo). O microscópio é equipado com detectores GaAsP de alta sensibilidade para imagem espectral (400-700 nm), detectores NDD - Non-Descanned Detector operando nos modos de reflexão e transmissão apropriados para imagens por excitação de dois fótons e de emissão de segundo e terceiro harmônicos e dois detectores de avalanche para espectroscopia e imagem de tempo de vida da fluorescência (Fluorescence-lifetime imaging microscopy - FLIM) com resolução temporal de 75 ps. Com esse equipamento, é possível medir emissão e propriedades de molécula isolada através da técnica de espectroscopia de correlação de fótons (Fluorescence correlation spectroscopy - FCS). O microscópio é também equipado com câmera de CO2 climatizada para estudo de cultura de células em tempo real.
